शास्त्री तहका आधुनिक र ऐच्छिक ख वर्गीय विषयहरूको शैक्षणिक व्यवस्थापनका लागि विभिन्न विभागहरूको परिकल्पना गरिएको छ। अङ्ग्रेजी, अर्थशास्त्र, र राजनीतिशास्त्र विषयलाई ऐच्छिक ख वर्गीय र अनिवार्य रूपमा समेटेर सम्बद्ध विभाग स्थापना गरिएको छ। अङ्ग्रेजी विभागमा ६ जना र अर्थशास्त्र विभागमा १ जना प्राध्यापक गरी ७ जना प्राध्यापक कार्यरत छन्। यस विभागको नेतृत्व उपप्राध्यापक डा. कृष्णप्रसाद भण्डारीले गरिरहेका छन्।

नेपाली विषयको शैक्षणिक व्यवस्थापनका लागि पनि छुट्टै विभागको स्थापना गरिएको छ। प्रारम्भमा ५ जना प्राध्यापक कार्यरत भए पनि हाल यस विभागमा ३ जना मात्र प्राध्यापक छन्, र सहप्राध्यापक कृष्णप्रसाद कोइरालाले विभागाध्यक्षको जिम्मेवारी सम्हालिरहेका छन्।

साहित्य र संस्कृत विषयलाई संयोजन गरेर साहित्य विभागको परिकल्पना गरिएको छ, जसमा १० जना प्राध्यापक कार्यरत छन्। प्रा. डा. भीमप्रसाद खतिवडा यस विभागका प्राध्यापक मध्ये एक हुनुहुन्छ, र हाल उहाँ नेपाल संस्कृत विश्वविद्यालयको शिक्षाध्यक्ष पदमा कार्यरत हुनुहुन्छ।

नव्यव्याकरण र धर्मशास्त्र विषयहरूलाई समेटेर अलग विभागको स्थापना गरिएको छ, जसमा ९ जना प्राध्यापक कार्यरत छन्। वेद, न्याय, र फलित ज्योतिष विषयहरूको अध्ययनको व्यवस्थापन गर्न वेद, न्याय तथा ज्योतिष विभाग गठन गरिएको छ, जसमा ६ जना प्राध्यापक कार्यरत छन्।

यी विभागहरूको उद्देश्य शैक्षणिक व्यवस्थापन र गुणस्तरीय शिक्षणलाई प्रवर्द्धन गर्नु हो।